Bartl wurde 1966 in Heidelberg geboren. Von 1987 bis 1991 studierte er am Max-Reinhardt-Seminar in Wien Darstellende Kunst, und schloss sein Studium als Magister ab.

Ab 1990 folgten Engagements als Schauspieler. u.a. am Burgtheater, am Staatstheater Braunschweig, an den Hamburger Kammerspielen, auf Kampnagel und am Jungen Theater Göttingen. Von 2005 bis 2013  war er Oberspielleiter am Landestheater Niederbayern. Dort entstanden überregional beachtete Inszenierungen, u.a. »Cabaret« von John Kander und Fred Ebb, »Jagdszenen aus Niederbayern« von Martin Sperr, Shakespears »Macbeth« und Lucy Prebbles »Enron« (eingeladen zu den Bayerischen Theatertagen 2012 in Augsburg).

Für die Inszenierung von »Wiener Blut« erhielt er den ersten »Operettenfrosch« (Preis von BR Klassik).

Seine Romanbearbeitung »Depeche Mode« nach Serhij Zhadan wurde 2010 am Landestheater Niederbayern (Landshut/Passau) uraufgeführt. 2015 erfolgte in Zusammenarbeit mit dem GI Kiew die ukrainischer Erstaufführung von »Depeche Mode« mit dem Ensemble des Kinder- und Jugendtheaters in Charkiw (TUZ). Es folgte eine Tournee der Produktion durch die Ukraine.

Seit 2013 arbeitet Markus Bartl als freier Regisseur an der WLB in Esslingen, am Theater in Kempten, Salzburg, Landshut, Passau und Regensburg. Seine Inszenierung der UA von »Good Bye Lenin« an der WLB wurde für das Theatertreffen bei Nachtkritik unter die 10 sehenswertesten Produktionen des Jahres 2021 gewählt.

Seit 2017 ist Bartl Dozent für Regie und Rollengestaltung an der ADK in Regensburg. Im Erfolgsstück Die Comedian Harmonists spielte Bartl den Erwin.
Seit Oktober 2022 künstlerische Leitung des Turmtheaters Regensburg.